帮助植物茁壮成长的隐形生物
有了光、水和大约20种其他元素，植物可以满足所有的生化需求。这些基本元素可分为两类：大量营养素和微量营养素。
大营养素是植物大量需要的营养素；钙、碳、氢、镁、氮、氧、磷、钾和硫。植物微量营养素或微量元素的含量非常少，它们包括硼、氯、钴、铜、铁、锰、钼、镍、硅、钠和锌。
植物所需的三种主要营养素是氮（N）、磷（P）和钾（K），这是众所周知且经常使用的NPK肥料。
微生物也可以为植物提供这些营养。可用于此目的的有益微生物群是生物肥料。它们被定义为含有微生物的物质，这些微生物通过增加植物必需营养素的供应来促进植物的生长。这些微生物具有在根际定植并增强植物养分吸收的能力。
氮（N）
氮对植物生长和叶绿素合成至关重要。氮是地球上最丰富的元素之一，但缺氮可能是影响全世界植物的最常见营养问题。土壤中发现的氮总量中有很高的比例是有机形式，这种氮形式不能直接提供给植物。植物可以以硝酸盐的形式从土壤中吸收氮（NO）3-）和铵（NH4+)。氮也是地球大气中最丰富的元素，但植物无法直接从空气中获取氮。
氮是地球上最丰富的元素之一，但缺氮可能是最常见的营养问题
有几种微生物可以用于帮助植物吸收氮。在豆类植物中，根瘤菌可以用来帮助植株吸收氮。根瘤菌的根系定植会导致根瘤的形成，它们将大气中的氮转化为氨。
其他可用于固氮的微生物有固氮菌、固氮螺旋菌和芽孢杆菌。这些微生物的优势在于它们适用于更广泛的作物，而不仅局限于豆类。
磷是三磷酸腺苷（ATP）的重要组成部分，ATP是植物使用的能量形式。磷还可以刺激根系发育，增加茎长并提高作物质量。
磷（P）
磷在天然土壤中经常缺乏，因为它被固定在磷酸铁或磷酸钙里面，这取决于土壤类型。芽孢杆菌、曲霉菌和青霉菌等微生物分泌有机酸，降低土壤pH值，导致土壤中固定磷酸盐的分解。一些细菌如芽孢杆菌和假单胞菌可以溶解不溶性无机磷酸盐，如磷酸二钙和磷酸三钙。菌根真菌可以帮助植物吸收磷。丛枝菌根与宿主植物形成共生关系，以交换碳和糖，它们为植物提供水分和养分。
钾（K+）
钾对植物生长和繁殖至关重要；它还负责激活多种酶。土壤中的大部分钾以矿物钾的形式存在，不能供植物吸收。含有钾的矿物有云母和长石。
钾溶解是通过例如由芽孢杆菌、粘液芽孢杆菌和毛状芽孢杆菌完成的。
（上述微生物属均由多种物种和菌株组成。这些微生物的确切有益效果取决于所使用的特定物种和菌株）