对抗土壤传播的病原体
种子和幼苗都惧怕土壤传播的病原体，如镰刀菌、腐霉、丝核菌和疫霉。许多病原体形成了适应恶劣条件的生存结构，因此可以在土壤中存活多年。
微生物可以使用不同的行为模式来保护植物，例如诱导抗性、竞争或抗生性。
微生物可以使用不同的行为模式来保护植物，例如诱导抗性、竞争或抗生性。
诱导抗性
诱导抗性是一种防御能力增强的状态，植物已经为可能的土壤病原体攻击做好了准备，从而做出更快的反应。有两种不同类型的诱导抗性，诱导系统抗性（ISR）和系统获得抗性（SAR）。ISR通过茉莉酸信号通路工作，SAR通过水杨酸途径工作。竞争
空间和养分都是有益微生物和土壤病原体之间竞争的一部分。当有益微生物在根表面定植时，病原菌不再有定居的空间。如果有益微生物在早期建立，它还可以竞争营养物质，从而使病原体的生存更加困难。这就是微生物在种子上的应用可以发挥重要作用的地方，稍后的文章将对此进行详细介绍。有益微生物和土壤病原体之间存在着激烈的竞争
抗生性
抗生性是指两种或多种生物之间的相互作用，这种相互作用至少对其中一种生物有害。微生物产生种类繁多、功能各异的代谢产物，其中一些具有抗菌作用。例如，真菌青霉菌分泌一种有害物质（抗生素），阻止周围其他微生物的生存。
有益的微生物
在木霉属真菌中，哈茨木霉（T. harzianum）、棘孢木霉（T.asperullum）、绿色木霉（T. viride）等几种真菌通过抗生性、竞争等不同机制表现出生物杀菌的特性。芽孢杆菌中的几种已被鉴定具有生物杀菌特性，如枯草芽孢杆菌（B. subtilis）和解淀粉芽孢杆菌（B. amyloliquefaciens）。其他具有抗土壤病原体活性的微生物有假单胞菌（Pseudomonas）和链霉菌（Streptomyces）。
（上述微生物基因均由种类繁多的物种和菌株组成。这些微生物的确切有益效果取决于所使用的特定物种和菌株）
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